LVM構成のLinuxからファイル単位でリストアできますか？

可能です。
その他対応しているファイルシステムの詳細は下記弊社ブログ記事をご覧ください。
Veeamのファイルレベルリストアはここが違う！多くのファイルシステムをサポートできる理由とは？

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