「ローカルで削除されたファイルを削除する」オプションを有効にして、ローカルコンピュータ上のファイルを削除した場合、バックアップストレージからも削除されますか？

はい、そのファイルはオンラインストレージからも削除されます。しかし、デフォルトでは、誤って削除してしまうことを防ぐために、ファイルは30日間オンラインストレージに残ります。これをSmartDelete（スマートデリート）と呼んでいます。

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